A proposição do curso de Mestrado Profissional em Gestão Pública visou ampliar a atuação do NAEA na formação acadêmica, dando assim continuidade a sua missão de constituição: formação de mão de obra especializada para o processo de desenvolvimento local e regional da Amazônia. Assim, como objetivos específicos, o Programa de Pós-Graduação em Gestão Pública pretende desenvolver uma visão abrangente dos processos de gestão pública para o desenvolvimento, incorporando suas dimensões ambientais, sociais e econômicas, estimulando a capacidade de crítica e criando a aptidão para a intervenção na realidade social da Região Amazônica continental. Se é verdade que a região integrou os diversos planos de desenvolvimento do país, vem demonstrando falta de capacidade de assimilação dos mesmos e pouca capacidade de intervenção crítica. Para tanto, propõe-se a formar profissionais que exerçam ou pretendam exercer atividades de gestão na administração pública federal, estadual e municipal ou em organizações públicas com capacidade de planejamento, análise e monitoramento.